Seorang pelajar kolej yang bernama Hana jatuh cinta dengan seorang serigala jadian lalu melahirkan dua orang kanak-kanak separuh serigala jadian bersamanya: seorang anak perempuan, Yuki, dan setahun kemudian seorang anak lelaki, Ame. Tidak lama selepas kelahiran Ame, bapa mereka terbunuh ketika memburu mencari makanan bagi anak-anaknya.

Membesarkan Yuki dan Ame adalah sukar; mereka sentiasa bertukar antara bentuk manusia dan serigala, dan terpaksa untuk menyembunyikan mereka dari dunia. Apabila dia dikunjungi oleh pekerja sosial yang bimbang bahawa anak-anaknya tidak divaksin, Hana memindahkan keluarganya ke kawasan desa jauh dari jiran yang ingin tahu. Dia bekerja keras untuk membaiki rumah usang dan mengekalkan keluarga dengan tanaman mereka sendiri. Ame hampir lemas di sungai selepas cuba untuk memburu burung raja udang; Yuki menyelamatkannya lalu Ame menjadi lebih yakin.

Yuki merayu pada ibunya untuk membenarkan dia pergi ke sekolah seperti kanak-kanak lain. Hana terima dengan syarat Yuki menyimpan rahsia alam semula jadi serigala jadiannya. Sungguhpun rakan sekelas Yuki mendapati dia agak aneh pada mulanya, dia mula berkawan. Walau bagaimanapun, Ame lebih berminat di dalam hutan, dan belajar daripada seekor rubah tua mengenai hidup di hutan.

Kelas Yuki menerima pelajar pemindahan baru, Souhei, yang menyedari sesuatu yang pelik mengenai dirinya. Apabila dia mengejarnya, Yuki bertukar menjadi serigala dan secara tidak sengaja mencederakannya lantas membawa kepada pertemuan dengan ibu bapa dan guru-gurunya. Souhei memberitahu mereka serigala menyerangnya, membersihkan Yuki daripada sebarang tuduhan, sehingga kedua-duanya berkawan.

Yuki dan Ame sentiasa bergaduh, sama ada mereka ialah manusia atau serigala. Hana menjadi terkejut dan kecewa selepas pergaduhan mereka. Pada hari berikutnya, ketika Yuki berada di sekolah, ribut sengit berkumpul lalu Ame pergi ke dalam hutan untuk membantu guru rubahnya yang mati; Hana mengejarnya. Kanak-kanak lain dijemput dari sekolah oleh ibu bapa mereka lantas menyebabkan Yuki dan Souhei berdua-duaan sahaja. Yuki mendedahkan rahsianya dengan berubah menjadi serigala. Souhei memberitahunya bahawa dia sudah tahu, dan berjanji untuk menyimpan rahsia itu.

Ketika Hana merayau di hutan untuk mencari Ame, dia tergelincir di beberapa batu basah dan jatuh lalu tidak sedarkan diri. Ame menjumpainya dia dan membawanya ke tempat selamat. Dia sedar untuk melihat Ame berubah menjadi seekor serigala dewasa dan berjalan ke pergunungan. Dia sedar bahawa anaknya telah menemui jalan sendiri dan menerima selamat tinggal beliau.

Pada tahun berikutnya, Yuki meninggalkan rumah untuk berpindah ke asrama di sekolah menengah. Jeritan serigala Ame boleh didengar dari jauh dan luas di dalam hutan. Hana, yang tinggal seorang diri di rumah, mengenangkan bahawa membesarkan anak-anak serigala itu adalah seperti sebuah kisah dongeng, dan berasa bangga kerana telah membesarkan mereka dengan baik.